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2020年11月20日，上海市检察院三分院与某商船有限公司就一起民事公益诉讼案达成的公益损害赔偿协议获上海海事法院司法确认。
2020年2月，上海铁路运输检察院在履行公益诉讼监督职责中发现，浦东海事局2019年5月对我国船舶大气污染物排放控制区内过往船舶尾气进行监测时，发现新加坡籍某轮船涉嫌使用硫含量超标的船用燃油，并对该轮船进行了行政处罚。
上海铁检院认为该轮船可能有造成大气污染、损害社会公共利益的情形，遂通过上海市人民检察院将该线索移送上海市人民检察院第三分院。
三分院于2020年8月7日在《正义网》发布公告，督促有关机关和社会组织在法定期限内提起民事公益诉讼。公告届满后，无适格主体在公告期内提起诉讼。
三分院立案调查后, 查明侵权主体为船舶经营人某轮船有限公司，其经营的某轮船在进入划定的船舶大气污染物排放控制区航行时，为节省航运成本，使用价格较低的高含硫量船用燃油，其硫含量达到2.67％m/m，超出规定（0.5％m/m）五倍多，致使船舶尾气排放超标污染大气环境，违反了《中华人民共和国大气污染防治法》、交通运输部《船舶大气污染物排放控制区实施方案》的相关规定，损害社会公共利益。
三分院分别委托上海海事大学和上海环境科学研究院对船舶使用超标燃油节约的成本和环境空气敏感系数作出专家鉴定意见，采用虚拟治理成本法算出环境受损量化金额为42929.58元。
经磋商，该轮船有限公司与三分院签订《公益损害赔偿协议》，对违法排放污染环境行为向社会公众表示歉意，自愿履行环境损害赔偿责任，承诺于2020年11月30日前支付公益损害赔偿款42929.58元。
2020年9月23日，协议双方向上海海事法院申请司法确认。11月20日，
上海海事法院裁定对公益损害赔偿协议的效力予以确认。11月26日，某轮船有限公司支付了全部赔偿款，并刊登公告致歉。
三分院坚持将诉前实现维护公益目的作为最佳状态，积极发挥公益诉讼社会治理功能，努力打造上海公益诉讼“标准之诉”，为大气污染领域公益诉讼保护贡献“检察方案”。
本案中的“诉前磋商+司法确认”办案模式是三分院对侵权事实清楚、标的较小、侵权人对侵权行为全面确认的案件的首次尝试，也是对公益诉讼办案的创新探索。以司法确认的形式，赋予《公益损害赔偿协议》司法强制执行效力，保障协议有力执行，促进环境及时修复，既维护了公共利益，又节省了司法资源、提高了办案效率，同时，还对船舶航行污染起到了警示效果,促进了绿色航运发展，体现了检察机关多维度、全覆盖维护生态环境的积极作用。
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